Les batailles entre les royaumes ont fait couler trop de sang, et Shao Khan propose de disputer un ultime Mortal Kombat. Raiden accepte et choisit d'abandonner son statut de dieu pour disputer le tournoi aux côtés du Royaume de la Terre. De son côté, Shinnok embauche des membres du Lin Kuei pour retrouver le dernier Kamidogu, et menace de fusionner les royaumes et d'anéantir toute forme de vie.