En pleine période électorale, Waldo, le maire sortant natif de l'île, doit faire face à Frank Scott, un naufragé. Frank a charmé la population de Dinotopia avec une automobile fonctionnant au méthane et a remporté les élections. Rapidement, il prend la décision de raser les forêts pour aménager des parkings. La pollution cause la perte des Branchiosaures et l'espèce est en voie d'extinction.