Les Fantastiques et Magnus forment une alliance pour libérer le Bakugan Doré, mais Dan et Lia doivent faire un douloureux sacrifice.
Les Fantastiques découvrent que la seule façon d'arrêter Magnus, et peut-être de le sauver, consiste à détruire la Cellule Mère infectée.
Dan pourchasse Magnus à l'intérieur de la Cellule Mère infectée par le Virus V. Il devra le battre pour le libérer de l'emprise de Tiko.
Toujours perdus dans le Labyrinthe, les Fantastiques s'approchent de la Cellule Mère, ressentent ses effets qui altèrent l'esprit, et se retrouvent face à face avec Tiko, le monstre Bakugan.
Les Fantastiques trouvent la sortie du Labyrinthe, Ils se rendent compte qu'ils sont entrés dans un monde inversé, fruit de leur propre imagination, et qui a été créé par la Cellule Mère.
Drago éloigne les Bakugans de la menace de Tiko pour protéger une puissante source d'énergie nommée la Cellule Mère.
Les Fantastiques protègent la Cellule Mère contre une attaque de Tiko et dans un ultime effort pour la sauver, Dan parvient à faire évoluer Drago.
Les Fantastiques rentrent à la maison et apprennent que, bien qu'ils soient restés très peu de temps dans le Labyrinthe, leurs connaissances sur les combats ont progressé énormément.
Après s'être débarrassés de Strata, les Fantastiques découvrent qu'ils ont ramené un voyageur perdu, un Bakugan qui leur cause bien du souci...
Les Fantastiques veulent faire évoluer leurs Bakugans comme Dan l'a fait avec Drago, mais seul Shun arrive à le faire en puisant l'énergie de la Cellule Mère.
Le cousin de Shun, Masato Kazami, considère qu' Hydorous appartient à la famille Kazami et que Shun doit rentrer au Japon. Les Fantastiques doivent se battre pour que leur ami reste à leurs côtés.
Lorsque Lia doit se battre contre China Riot, elle apprend à faire évoluer Pegatrix et comprend la raison de son obsession pour les vidéos.
Dan ment à propos de l'évolution de Drago. La vérité éclate quand l'équipe affronte Duran Dane et son malheureux Bakugan Nobilious.
Dan et Wynton trouvent l'endroit où la Cellule Mère est possiblement enfouie, mais le Colonel Tripp veut lui aussi mettre la main sur cette source d'énergie.
Après s'être disputé avec Dan, Wynton tombe sous l'emprise du Colonel Tripp, qui met en scène une attaque pour déclencher une guerre entre les Combattants et les militaires.
Dan se lance dans une aventure en solo pour vaincre la nouvelle équipe de Combattants de Magnus ! Cependant, c'est ce dernier qui doit venir à sa rescousse ....
Lightning découvre la Cellule Mère enfouie sous la Terre et doit se battre contre Strata pour protéger son secret.
Lightning annonce qu'il a découvert la Cellule Mère, mais lorsque les Fantastiques arrivent sur les lieux, ils découvrent que Magnus les a devancés.
La Cellule Mère a plongé les Bakugans des deux équipes en état d'hibernation, à l'exception de ceux de Dan et Magnus, qui devront livrer un combat décisif.
Après avoir vaincu Magnus, Les Fantastiques reçoivent une offre d'emploi de nulle autre que... Philomena Dusk.
Alors qu'ils tournent une vidéo promotionnelle pour célébrer leur arrivée dans l'équipe d'AAAnimus, les Fantastiques se révoltent ...
Alors qu'ils escortent la Cellule Mère jusqu'aux installations d'AAAnimus, les Fantastiques se font attaquer par Masato Kazami et ses gardes du corps.
Les tentatives de Philomena pour maîtriser l'énergie de la Cellule Mère échouent, et les Fantastiques doivent combattre leurs collègues d'AAAnimus.
Après d'autres tentatives infructueuses pour maîtriser l'énergie de la Cellule Mère, les Fantastiques doivent combattre leurs propres Bakugans avec la technologie d'AAAnimus afin de les sauver.
Les Fantastiques font part à Philomena de leurs inquiétudes concernant le contrôle de l'énergie de la Cellule Mère...
Les Fantastiques veulent entrer dans les installations d'AAAnimus afin de sauver leurs Bakugans, mais Benton leur offre un plan alternatif...
Les Fantastiques s'associent à Benton Dusk pour récupérer les Bakugans qu'on leur a volés et libérer l'énergie de la Cellule Mère, qui est sous le contrôle d'AAAnimus.
Les Fantastiques partent sur une île éloignée à la recherche d'une Cellule Mère, et ils font la rencontre d'un Bakugan nommé Kelion qui se lie d'amitié avec Dan.
Les Fantastiques découvrent un groupe d'enfants et de Bakugans qui sont forcés de travailler, mais leur libération ne résout qu'une partie du problème.
Les Fantastiques sont invités à un Festival de Vidéos, mais leur vaisseau aérien s'écrase, et ils doivent faire appel à Mère Nature pour sauver la situation !
Lord Brakken est un grand admirateur des Fantastiques, mais il dévoile son côté sombre quand il cherche à prouver qu'il est un meilleur Combattant.
Les Fantastiques se déguisent pour tenter de passer pour des citoyens du Brakistan, mais ils découvrent que circuler incognito est plus difficile qu'il n'y paraît.
Les Fantastiques tentent d'empêcher un mariage arrangé entre Lia et Lord Brakken, et du même coup font une découverte majeure pour les Bakugans !
Les Fantastiques et Magnus suivent des pistes parallèles pour récupérer des informations qui leur permettraient de faire une découverte importante pour les Bakugans.
Les Fantastiques cherchent un Bakugan mythique perdu, et obtiennent plus que ce qu'ils espéraient, alors que Magnus est lui aussi sur la même piste.
Magnus a absorbé l'énergie d'une Cellule Mère infectée par le Virus V, et les Fantastiques n'ont d'autre choix que de se battre contre lui.
Les Fantastiques tentent de retrouver Magnus, et ce dernier décide d'aller visiter Philomena Dusk chez AAAnimus.
Des choses étranges se produisent lors d'un entraînement des Fantastiques avec leurs Bakugans.
Les Fantastiques découvrent les liens qui unissent les Bakugans et Vestroia. Pendant ce temps, Benton commence à agir plutôt bizarrement.
Benton Dusk envoie les Fantastiques au Brakistan, et nos amis découvrent que les choses ont beaucoup changé depuis leur dernière visite au pays de Lord Brakken.
Après s'être fait arrêter au Brakistan, les Fantastiques doivent assurer leur propre défense au cours d'un procès.
Alors qu'ils volent vers leur prochaine mission, le vaisseau aérien des Fantastiques se fait attaquer par Pyravian, qui croit étrangement que les membres de la bande sont des Bakuzons.
Les Fantastiques se battent contre les Bakuzons de Tiko, et découvrent des secrets inattendus sur les Cellule Mères.
Les Fantastiques réalisent qu'ils ont été dupés par Benton, et découvrent que celui-ci est sous l'emprise du méchant Tiko.
Les Fantastiques doivent se tourner vers Philomena Dusk pour obtenir de l'aide, mais ils se rendent compte trop tard que ce faisant, ils ont conduit Benton/Tiko directement chez AAAnimus.
Les parents du monde entier sont incités à confisquer les Bakugans de leurs enfants. Les Fantastiques doivent faire appel aux Fripouilles Rouges.
Pendant que les Fantastiques tentent de trouver des alliés et prévenir les enfants du monde entier de la catastrophe imminente, Wynton est confronté au Colonel Tripp, qui travaille maintenant pour Benton Dusk.
Lia se bat contre China Riot. Les deux Combattantes finissent par s'entendre lorsque China réalise que Benton/Tiko a monté un coup contre elle.
Les Fantastiques sont en fuite et pris au piège. Ils décident de se tourner vers le père de Shun, Ichiro Kazami, pour obtenir de l'aide.
Masato attaque, mais les Fantastiques apprennent qu'Ichiro garde un Bakugan Doré en captivité, les obligeant à choisir entre le moindre de deux maux !
Shun supplie son père de les aider, mais il est trop tard, car le complexe des Kazami est envahi par les Bakuzons.
Abandonnés dans le labyrinthe de Vestroia, les Fantastiques tentent en vain de convaincre Goreene qu'ils peuvent se battre à ses côtés.
Les Fantastiques luttent pour rester unis, et risquent le tout pour le tout pour sauver Thryno, le Bakugan Doré.
Pendant que Dan et Drago soignent Trhyno, les autres membres des Fantastiques doivent défendre le Dôme Doré.
Alors que Dan et Drago se battent pour soigner Thryno du Virus V, ils apprennent l'histoire de Vestroia et de la nature des Bakugans Dorés.
Thryno doit donner à Dan et Drago le pouvoir nécessaire afin qu'ils puissent empêcher Tiko de détruire Vestroia et la Terre.
Lorsque Shun et Lia approchent Ichiro et Masato pour s'en faire des alliés, ils doivent affronter Ichiro, qui est maintenant devenu un Bakuzon !
Shun, Lia et Masato doivent affronter les Forces des Industries Dusk, mais ils ne sont pas seuls. Les EXIT sont venus leur prêter main-forte.
Alors que les Forces des Industries Dusk prennent d'assaut la Grande Cellule Mère, les luttes intestines entre les Fantastiques et leurs alliés menacent de les séparer.
Tiko et les Forces des Industries Dusk se sont alliés pour devenir une puissance mondiale et lancent un assaut sans merci contre la Grande Cellule Mère.
L'avenir de la Terre et de Vestroia se joue lors du combat final entre Tiko et les Fantastiques.
Les Fantastiques rentrent chez eux en héros, et se demandent quels seront les prochains combats qu'ils devront livrer.