Dan Kouzo et ses amis Lia et Wynton découvrent l'"incident" qui s'est produit sur Terre il y a douze ans. Dan rencontre Drago, son partenaire Bakugan, pour la première fois.
Dan et ses amis remportent leur premier combat de Bakugans, ce qui permet aux " Fantastiques " de faire leurs preuves en tant que héros et Combattants.
Un Combattant rebelle menace le restaurant du coin, et Dan doit intervenir pour sauver la situation... et les burgers !
Les Fantastiques tentent d'empêcher des enfants du quartier de reproduire les mauvais comportements de certains Combattants.
Les Fantastiques doivent s'occuper d'un tyran qui utilise son Bakugan pour s'en prendre aux enfants.
Les blagues de Wynton n'amusent pas du tout Trox, son partenaire Bakugan, et ce dernier décide de lui donner une leçon.
Les Fantastiques sont responsables d'un accident, et les parents de Dan se demandent si les enfants devraient être autorisés à garder leur Bakugan.
Lia et son nouveau Bakugan, Pégatrix, sont en désaccord quant aux techniques de combat, mais lors d'un combat acharné, Lia réalise qu'elle doit compter sur l'intelligence de Pégatrix.
Deux nouveaux Combattants, Shun et Magnus, passent des épreuves pour se joindre aux Fantastiques.
Les Fantastiques résolvent le mystère de la disparition d'un Bakugan et rencontrent un chasseur de Bakugan nommé Strata.
Lightning découvre un nouveau Bakugan, Artulean, ce qui suscite une rivalité entre ce dernier et Howlkor.
Pendant que la mère de Lia fait un reportage sur les Fantastiques, Strata le Chasseur essaie de capturer Hydorous.
Les Fantastiques affrontent les Exit, une équipe rivale de Combattants. L'équipe qui récolte le plus de vues sur Internet gagnera ce combat sans merci.
Le promoteur Everett Ray tente de convaincre les Fantastiques de joindre une ligue officielle de combats de Bakugans.
Wynton trouve un nouveau Bakugan qui s'avère difficile à maîtriser, mais les choses se compliquent encore plus lorsque Trox tombe sous l'emprise du Colonel Tripp.
Dan se comporte bizarrement avec ses coéquipiers, et Lightning découvre pourquoi grâce à son flair !
Des Bakugans apparaissent dans un pré et les enfants se précipitent pour les recueillir. Mais le pré est contaminé, et c'est Lia qui doit sauver la situation.
Dan et Wynton rencontrent un étrange garçon qui les conduit dans un labyrinthe souterrain où ils découvrent que son Bakugan a été réduit à l'esclavage.
Philomena Dusk, de la société AAAnimus, engage Magnus et lui pose un implant pour renforcer le pouvoir de son Bakugan et ainsi vaincre Dan.
Les Fantastiques reçoivent un message qui les mène à la recherche d'un Bakugan disparu, mais ils réalisent que le message était en fait un test émanant d'un mystérieux bienfaiteur...
Dan, Lia et Wynton découvrent la mystérieuse histoire de Shun, sa relation avec son père et son désir de vivre dans une famille unie.
Dan et Shun s'interrogent sur la meilleure façon de faire des Fantastiques une véritable équipe, alors qu'ils doivent faire face à de nombreuses menaces et au mystérieux Shargo Ronin.
Osamu Kazami vient chercher son fils Shun pour le ramener à la maison, mais ce dernier refuse de lui obéir.
Drago et les autres Bakugans font face à une menace invisible provenant d'une puissance surnaturelle.
Les Fantastiques rencontrent Benton Dusk, et découvrent que leur petit univers est sur le point de devenir beaucoup, beaucoup plus grand.
Benton Dusk révèle que les Fantastiques ont été identifiés comme des personnes d'intérêt par de puissantes sociétés dont celle de Philomena Dusk, AAAnimus.
Alors qu'ils effectuent une mission dans le monde mystérieux du Labyrinthe, les Fantastiques retrouvent Strata le Chasseur et libérent les Bakugans qu'il garde captifs.
Perdus dans le Labyrinthe, les Fantastiques rencontrent des forces puissantes qui semblent se disputer le contrôle de cet étrange environnement.
Envoyés sur une île japonaise par Benton Dusk pour y mener leur enquête, les Fantastiques découvrent une installation cachée où l'on effectue des expériences mystérieuses...
Piégé par son père, Shun est contraint d'affronter ses propres amis, alors que de sombres secrets sur la famille Kazami et les expériences de Masato sont révélés.
Shun doit tenir tête à son père, démasquer les intentions de son cousin et protéger ses amis avant que Masato n'anéantisse tout le monde sur l'île d'Ichiro !
Alors que Magnus tente d'absorber l'énergie d'un Extracteur, Shun et Ichiro font la paix. Les Fantastiques empêchent l'Extracteur de les détruire.
Sur le point d'abandonner, Magnus en apprend plus sur la mission confiée aux Fantastiques pour trouver des Cellules Mères.
Dan apprend qu'une Cellule Mère est malade et que les Fantastiques doivent trouver un remède, sinon la planète pourrait disparaître à jamais.
Le retour de Strata, infecté par une étrange substance, n'est pas qu'une simple revanche, puisque les Fantastiques risquent de subir le même sort que lui.
En utilisant le gant de Strata, les Fantastiques pensent avoir découvert un chemin à travers le Labyrinthe - mais ils réalisent qu'il n'est pas sage de faire confiance à l'ennemi.
La nouvelle équipe de Combattants de Magnus apprend que Lightning a donné l'alerte au sujet d'une Cellule Mère infectée, et décide de capturer le chien afin de trouver son emplacement.
Magnus entre dans le Labyrinthe et réussit à pénétrer à l'intérieur d'une Cellule Mère infectée par le Virus V.